Mehanizam funkcioniše kroz svoja dva ogranka: jedan ogranak se nalazi u Arushi, Ujedinjena Republika Tanzanija, a drugi u Hagu, Holandija.
Mehanizam ima zajedničke čelne ljude: predsednika, tužioca i sekretara. Čelni ljudi su nadležni za oba ogranka Mehanizma i svako od njih nadgleda jedan od tri organa, kako sledi:
Sudska veća
Članom 4 Statuta određeno je da se Sudska veća sastoje od po jednog pretresnog veća u svakom od ogranaka Mehanizma i od Žalbenog veća koje je zajedničko za oba ogranka Mehanizma. Dvadeset i petoro nezavisnih sudija sa spiska sudija u pripravnosti, koji uključuje i predsednika, zadužen je za postupke u oba ogranka Mehanizma. U meri u kojoj je to moguće, a s ciljem maksimalne efikasnosti, sudije obavljaju svoje funkcije na daljinu, i u obavezi su da borave u sedištu jednog od ogranaka jedino kad je to neophodno i na zahtev predsednika. Sudijama pomaže osoblje Sudskih veća u oba ogranka.
Tužilaštvo
Tužilaštvo je zaduženo za istrage i krivično gonjenje osoba obuhvaćenih članom 1 Statuta Mehanizma.
Sekretarijat
Sekretar predvodi Sekretarijat, koji pruža podršku za oba ogranka Mehanizma u administrativnim i pravnim pitanjima i pitanjima poslovne politike, kao i u diplomatskim stvarima.
Svaki od organa održava spisak kvalifikovanog potencijalnog osoblja u pripravnosti koji se brzo mogu zaposliti ukoliko bi to bilo potrebno za obavljanje funkcija. Zaključno s oktobrom 2016. godine Mehanizam ima sudije koje potiču iz 24 države i osoblje koje predstavlja više od 60 zemalja.
Osim toga, održava se spisak branilaca u pripravnosti kako bi se obezbedilo poštovanje najviših standarda pravičnog suđenja. Pravilom 43 Pravilnika o postupku i dokazima Mehanizma predviđeno je da će se “kad god to zahtevaju interesi pravde, osumnjičenima i optuženima koji nemaju sredstava da plate branioca dodeli[ti] branilac po službenoj dužnosti”. Sekretarijat vodi sistem pravne pomoći Mehanizma, koji pruža podršku timovima odbrane.
Pritvor na MRMKS-u
Mehanizam u svoja dva ogranka vodi dva pritvorska objekta, u kojima se nalaze pritvorenici u njegovoj nadležnosti. Oba ova objekta funkcionišu u skladu s međunarodnim standardima za postupanje s osobama lišenim slobode.
Detaljnije: Pritvor na MRMKS-u